Le variant du Covid qui a pris la tête des virus analysés au Canada en quatre mois n’a rien montré de plus grave selon l’OMS : il s’appelle PJ.2.1

Si l’on en parle maintenant, c’est que l’Organisation mondiale de la santé (OMS) l’a placé sur sa liste d’attente. Le 27 octobre, elle a demandé aux laboratoires du monde entier des données sur les virus émergents, « dont PJ.2.1 », en vue de la réunion de décembre où ses experts choisiront la souche des vaccins contre le Covid-19 de la saison suivante. [1] Le variant ne figure pourtant dans aucune de ses catégories de surveillance : sa dernière liste, arrêtée au 27 juillet, ne le mentionne ni comme variant d’intérêt, ni comme variant sous surveillance. [2]

Variant PJ.2.1 : une branche de la famille JN.1, repérée au Canada en mai

PJ.2.1 appartient à la grande famille Omicron du SARS-CoV-2, le virus du Covid-19. Il descend de JN.1, une lignée d’Omicron qui a déjà donné de nombreuses branches, et a été détecté pour la première fois le 2 mai 2026 dans l’Ontario. Il est ensuite apparu à New York le 30 juin, puis dans plusieurs États américains, à Singapour, en Australie et en Espagne, où des chaînes de transmission locale semblent installées. [3] Les chercheurs le qualifient de variant « de saut » : il est arrivé avec un grand nombre de modifications d’un coup, au lieu de les accumuler une à une.

C’est surtout sa progression qui inquiète. Dans l’Ontario, où les autorités séquencent environ un cas positif sur deux, sa part a grimpé en quatre mois. [4]

• 28 juin-25 juillet : 1,1 % des cas séquencés.
• 26 juillet-22 août : 3,5 %.
• 23 août-19 septembre : 16,9 %.
• 20 septembre-17 octobre : 25,2 %, ce qui en fait la lignée la plus fréquente, devant ST.1 (12,8 %).

Un quart des virus séquencés ne fait pas une vague à lui seul. L’agence ontarienne prévient que ces fréquences « ne reflètent pas la prévalence », c’est-à-dire la part réelle de la population infectée. [4]

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En France, PJ.2.1 reste loin derrière XFG dans les virus séquencés

Santé publique France ne publie pas de part de PJ.2.1 dans ses bulletins hebdomadaires. Nous avons donc repris les séquences françaises transmises au Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), qui les classe par grandes familles. PJ.2.1 n’y est pas compté à part : il se range dans la famille JN.1. Du 28 septembre au 18 octobre, cette famille ne représentait que 20 % des 162 séquences françaises, contre 54 % pour XFG, la famille qui domine en Europe. Quatre semaines plus tôt, les proportions étaient de 19 % et 60 %. [5]

Autrement dit, au plus un virus séquencé sur cinq pouvait être un PJ.2.1 à la mi-octobre, sans doute moins puisque la famille JN.1 compte d’autres branches. Certaines reprises le présentent comme « majoritaire en France » : ces données ne le montrent pas. Elles restent minces, avec quelques dizaines de séquences par semaine, et ont trois semaines de retard. [5]

Côté épidémie, la circulation du SARS-CoV-2 mesurée dans les eaux usées augmentait depuis août, avant de tendre à se stabiliser fin octobre. [6][7] Dans son bulletin du 4 novembre, Santé publique France décrit des indicateurs du Covid-19 en légère hausse à l’hôpital, stables voire en baisse en ville, à des niveaux faibles et comparables à l’an dernier. Les foyers de cas groupés signalés dans les établissements médico-sociaux, comme les Ehpad, restent, eux, principalement dus au Covid-19. [8]

Symptômes du variant PJ.2.1 : ceux d’un rhume ou d’une grippe

L’OMS l’a redit ces derniers jours à l’agence russe RIA Novosti : les symptômes du Covid-19, de la grippe et des autres infections respiratoires se ressemblent, et on ne peut pas savoir quel virus est en cause sans test. Elle ne dispose d’aucune donnée montrant que PJ.2.1 rend plus malade que les variants précédents. Ce sont donc les signes habituels du Covid-19. [9]

• Les plus fréquents : fièvre, toux, grande fatigue.
• Souvent aussi : mal de gorge, maux de tête, douleurs musculaires, frissons.
• Plus rares avec Omicron : perte du goût ou de l’odorat.

Une virologue russe, citée par la même agence, avance que PJ.2.1 donnerait des maux de gorge plus intenses et une fatigue plus longue. Aucune étude publiée ne l’établit à ce stade. Les chiffres de l’Ontario disent autre chose : 77 % des cas de PJ.2.1 séquencés avaient 60 ans ou plus, contre 82 % pour l’ensemble des variants, selon notre calcul. [4] Une équipe allemande fait le même constat sur les données internationales : il touche surtout les plus âgés, comme les autres. [3]

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Personnes à risque : testez-vous tôt

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Vaccin contre le Covid-19 : jusqu’au 31 janvier 2027, si le délai depuis la dernière dose est respecté

La campagne de vaccination a démarré le 13 octobre, en même temps que celle contre la grippe, et court jusqu’au 31 janvier 2027. [10] Le vaccin utilisé, Comirnaty, vise cette année XFG. Il n’a pas été conçu contre PJ.2.1, mais un premier travail de laboratoire, encore en prépublication, rassure en partie : le nouveau variant n’échappe pas davantage aux anticorps des personnes vaccinées que XFG. Ses auteurs en déduisent, sans l’avoir mesuré, que le vaccin de la saison pourrait aussi protéger contre lui. [3]

La vaccination est recommandée chaque automne à ces personnes, et prise en charge à 100 % : [9][11]

• Âge : 65 ans et plus.
• Maladie : hypertension compliquée, maladie du cœur, des vaisseaux, du foie, des reins ou des poumons, diabète, obésité, cancer, greffe, trisomie 21, troubles psychiatriques, démence, ou immunodépression.
• Situation : grossesse, résidence en Ehpad ou en unité de soins de longue durée.
• Entourage : proches et professionnels en contact régulier avec des personnes fragiles ou immunodéprimées.

Hors de ces profils, toute personne qui le souhaite peut aussi recevoir une dose. [9] Reste une condition, souvent oubliée : respecter 6 mois depuis la dernière injection ou le dernier Covid, délai qui peut être ramené à 3 mois après 80 ans et chez les personnes immunodéprimées. [9][11] Calcul fait, il faut que ce dernier épisode remonte au 31 juillet 2026 au plus tard pour être vacciné avant la fin de la campagne, ou au 31 octobre pour les plus de 80 ans. Une personne de moins de 80 ans, non immunodéprimée, infectée en août ou en septembre, pendant la remontée de la fin de l’été, n’atteint ses 6 mois qu’après la date de fin prévue de la campagne.

Le calendrier ne s’arrête pas en janvier pour tout le monde. Une dose supplémentaire est prévue au printemps pour les 80 ans et plus, les personnes immunodéprimées, les résidents d’Ehpad et d’unités de soins de longue durée, à au moins 3 mois de la précédente. [9][11]